大纲

导读文献

editor：生信云

BSA分析（一）背景介绍 - 知乎
BSA分析（二）软件安装 - 知乎
BSA分析（三）数据准备 - 知乎
BSA分析（四）测序数据质控过滤 - 知乎
BSA分析（五）变异检测 - 知乎
BSA分析（六）变异结果注释 - 知乎
BSA分析（七）Mutmap - 知乎
BSA分析（八）QTL-seq - 知乎
BSA分析（九）BSR-seq 分析 - 知乎

editor：爱学生信的小菜鸡

BSA分析（一）——原理及发展史
BSA分析（二）——分析准备工作
BSA分析（三）——测序数据的质控
BSA分析（四）——序列比对及比对信息统计
BSA分析（五）——变异检测及样本合并
BSA分析（六）——QTLseqr包
BSA分析（七）——DeepBSA - 知乎
BSA分析（八）——OcBSA - 知乎

课程

BSA性状定位分析（第一节：背景知识概要）_哔哩哔哩_bilibili

文献

10.1111/tpj.15646
10.3390/plants13192676
10.1038/nmeth0809-550

BSA 全称bulk segregant analysis，极端性状的混池，只能研究一个目标性状（比如高对矮，耐高温对敏高温）。

早期事件

现代分析法

tip1.如果表型呈现正态分布，就是数量性状（群体遗传学有讲）。
tip2.计算混池里每个个体的SNP频率，对每个极端群体作图统计，就会得到在基因组上的目标QTL区域会有较大差异，从而实现QTL定位。

分析流程

参见：BSA分析（一）——原理及发展史

software

mutmap

mutmap一定要对分离比做一个统计并进行卡方检验。可以对隐性性状定位。

QTL-seq，可以对数量性状进行定位。

常规群体构建

tips，只要是能做连锁作图的群体都能进行BSA分析。