基因组组装评估指标

基因组评估软件geap，

overview of the GAEP pipeline




main workflow of the GAEP misassembly detection module

GAEP是一款能够基于二代、三代测序以及转录组测序数据，对基因组组装序列的连续性、准确性、完整性和冗余性进行评估的软件。它可以生成包括序列长度、contig/scaffold数量、Nx等基础指标，并集成了BUSCO脚本，用于评估同源基因的完整性。此外，GAEP还引入了两个新开发的模块，其中组装错误断点检测模块利用三代测序长读长的特点，通过分析三代序列比对到基因组的插入、删除和剪切位点，将这些位点合并成候选断点区域，并使用深度信息进行过滤，能够更有效地识别组装错误。另外，SNV-Cov图模块可以直观地评估基因组组装的冗余度或对冗余度不同的基因组进行比较。与QUAST和Inspector等同类型软件相比，GAEP能够更有效地评估基因组组装的质量和准确性。
软件链接：
GitHub - zy-optimistic/GAEP: A genome assembly assessment pipeline.

基本使用方法：

gaep pipe -r ~/database/rice/ribenqing/IRGSP-1.0_genome.fasta


结果会以html和txt展示

文章链接：
GAEP: a comprehensive genome assembly evaluating pipeline - ScienceDirect